Les allégations, vérifiées ou non, se multiplient à l’encontre de la communaté du Libre. C‘est un communiqué de Steve Ballmer qui déconseille aux gouvernements de migrer vers les logiciels libres. En effet, Linux violerait 280 brevets dont 27 détenus par Microsoft, les autres appartenant entre autres à Novell, IBM et Redhat.
Microsoft emploie la même technique que Hewlett-Packard et Redhat lors des récents démélés avec SCO. Tous ont introduit une clause d’indemnisation en cas de poursuites judiciaires et les frais de justice potentiels sont pris en compte par le vendeur de la solution informatique.
Ceux-ci considèrent que le coût d’une solution Linux étant largement inférieur à un équivalent propriétaire, la “prime de risque” est largement acceptable.

Par ailleurs, le front de la sécurité essuie un certain nombre d’attaques.
Le Kernel (Noyau) 2.0 et le service smbfs (Samba File System, permettant le partage de fichier sur des réseaux mixtes Linux/Windows) souffrent tous les deux d’une faille de niveau élevé qui autorisant une attaque de type Déni de Service.
Firefox était lui aussi sujet à des vulnérabilités système dans ses versions 0.9x. Cependant, ceci a été corrigé depuis la sortie des versions 1.0 RC et 1.0 Finale.